東京医労連は加盟している組合で、その医療機関等の性格別に部会を構成し、日常的に運動しています。部会ごとに加盟組合名を紹介します。また、地域別に地区協議会も置いています。
［大学部会］
●都内の大学病院の労働組合です。
慶応義塾労働組合四谷支部、東京女子医科大学労働組合、順天堂大学教職員組合、東京医科大学病院労働組合、日本医科大学労働組合、杏林学園教職員組合、日本大学教職員組合医学部支部
［精神部会］
●都内の精神病院の労働組合です。
井の頭病院労働組合、精神医学研究所労働組合、昭和大学付属烏山病院労働組合、桜ヶ丘社会事業協会労働 組合、慈雲堂内科病院労働組合、根岸病院労働組合、多摩病院労働組合、飛鳥病院労働組合、吉祥寺病院労働組合、成増厚生病院分会
・根岸病院病院労組勝利判決−−初任給の変更は労組との協議が必要！
・根岸高裁判決（PDF）
［民医労］
●正式名称は東京民医連労組連合会で、東京民主医療機関連合会に加盟している院所の労働組合の連合会です。
東京健生労働組合、南部医療労働組合、港勤労者医療協会労働組合、東京勤労者医療会労働組合、健友会労働組合、健康文化会医療労働組合、健和会労働組合、健生会医療労働組合、東京ほくと医療労働組合、養生会労働組合、目黒医療生活協同組合労働組合、東京西部保健生協労働組合、セツルメント診療所労働組合、葛飾医療生活協同組合労働組合、北多摩中央医療生協労働組合、むさしのひまわり労働組合、多摩北部医療労働組合、共立医療会労働組合、病体生理研究所労働組合、協立医師協労働組合
［都内一般部会］
●23区内で大学病院でも精神病院でも民医連でもない医療機関で組織されている労働組合です。
結核予防会労働組合、愛育病院労働組合、久我山病院労働組合、癌研究会労働組合、西新井病院労働組合、三軒茶屋診療所労働組合、杏雲堂病院分会、聖路加病院分会、江戸川医師会検査センター分会、平塚胃腸病院分会、市川第二病院分会
［多摩一般部会］
●三多摩地域内で大学病院でも精神病院でも民医連でもない医療機関で組織されている労働組合です。
厚生荘病院労働組合、清瀬リハビリテーション病院労働組合、白十字病院労働組合、城山病院労働組合、城山病院関連労働組合、救世軍清瀬病院労働組合、緑風荘病院労働組合、桜町病院労働組合、信愛病院労働組合、多摩相互病院労働組合、多摩川総合病院労働組合、寿光会分会
［福祉部会］
●福祉施設や関連する施設に作られた労働組合です。
鶴風会労働組合、緑成会労働組合、白十字ホーム・八国苑労働組合、友愛十字会労働組合、楽友会職員組合、北里研究所労働組合、ひまわりユニオン
［ヘルパー協議会］
●介護ヘルパーの方が加盟している、職種別個人加盟労組・分会の部会です。
西多摩地域ヘルパー労組、中野ヘルパーユニオン、東京ヘルパー労組三鷹・小金井地域分会、東京ヘルパー労組立川地域分会、東京ヘルパー労組板橋地域分会、東京ヘルパー労組北多摩北地域分会、東京ヘルパー労組江戸川地域分会、亀有ケアユニオン
［民間全国］
●全国的に医療展開している日赤病院、社会保険病院、労災病院、国家公務員共済、公立学校共済などの病院で、本部が全国単一である労働組合の東京での組織です。
全日赤医療センター第1労働組合、全日赤武蔵野病院労働組合、全日赤大森病院労働組合、全日赤武蔵野日赤保育園労働組合、全日赤子供の家労働組合、健保労組社会保険中央病院支部、健保労蒲田総合病院支部、全労災東京労災病院支部、国共病組立川病院支部、国共病組虎ノ門病院支部、公共労関東中央病院支部、全国一般好仁会支部、全済労中央病院支部
［全医労］
●現在と旧の国立病院の労働組合です。民間全国と同様に本部が全国単一である労働組合の東京の組織です。
全医労東京地区協議会、全医労災害医療センター支部、全医労村山病院支部、全医労武蔵支部、全医労全生園支部、全医労東京病院支部、全医労国際医療センター支部、全医労東京医療センター支部、全医労生育医療センター支部、全医労がんセンター支部
［官公］
●現業も含め公務員の労働組合です。
郵産労東京逓信病院支部、町田市民病院支部、公立昭和病院労働組合
［オブザーバー］
●オブザーバー加盟の労働組合です。
東大病院職員組合、稲城市立病院労働組合、東京医科歯科大学職員組合、国労JR総合病院労働組合、昭和大学教職員組合
［分会］
●各医療機関、地域ごとに個人加盟の分会を作っています。東京医労連本部直轄で運動しています。
八王子地域分会、（再掲）成増厚生病院分会、杏雲堂病院分会、聖路加病院分会、江戸川医師会検査センター分会、寿光会分会、ヘルパー分会、医労連分会、平塚胃腸病院分会、市川第二病院分会
［個人加盟分会］
●一人でも入れる東京医労連本部直属の分会です。
［地区協議会］
●地域別に地区協議会を置いています。地区協議会の地域分けは以下の通りです。
東部地区協議会（足立区、葛飾区、荒川区、墨田区、江東区、江戸川区）
西部地区協議会（中野区、杉並区、渋谷区、世田谷区）
中部地区協議会（文京区、台東区、新宿区、千代田区、中央区）
南部地区協議会（港区、目黒区、品川区、大田区）
北部地区協議会（帰宅、板橋区、豊島区、練馬区）
多摩第1地区協議会（武蔵野市、三鷹市、調布市、狛江市、小金井市、国分寺市、府中市）
多摩第2地区協議会（町田市、稲城市、多摩市、日野市、国立市、立川市、昭島市、八王子市、武蔵村山市、福生市、あきる野市、羽村市、瑞穂町、青梅市、日の出町、桧原村、奥多摩町）
多摩第3地区協議会（清瀬市、東久留米市、西東京市、小平市、東村山市、東大和市）
